Não recomendamos que você leia este artigo se você não quer saber sobre a história do jogo. Ele contem Spoilers que pode estragar a sua diversão enquanto estiver jogando por já saber da história. Mas... tudo é permitido.
Depois de tudo o que os Templários o fizeram passar. Depois de tudo o que eu o fiz passar... Está tudo embaralhado... Talvez se nós não tivéssemos feito ele se enforçar tanto, nós já teríamos todas as repostas... E talvez ele ainda estivesse vivo.
―Lucy comentando sobre o que poderia ter feito para salvar o Subject 16.
Subject 16 (Ou em português, Cobaia 16), também chamado de Clay Kaczmarek, foi uma pessoa sequestrada pelas Indústrias Abstergo e foi forçado a usar o Animus. Na linha de Cobaias é o predecessor de Desmond Miles e também um descendente de Ezio Auditore. Ele é relacionado a Desmond como indicado em seu DNA que é compatível ao de Desmond, assim como mostrado em Assassin's Creed II. Também é revelado que ele tinha ancestrais na Batalha de Gettysburg, no forum Romano e era de alguma forma conectado à Rainha Isabella. Em Assassin's Creed II, é dublado por Cam Clarke.
Ah... O bom e velho Subject 16. Ele repintou meu quarto, sabia?... COM O SEU PROPRIO SANGUE
―Desmond comentando com Lucy sobre o pequeno incidente ocorrido no laboratório da Abstergo
Antiga empregada e pesquisadora da Abstergo, Lucy, revela em um dos e-mails para seu supervisor, Warren Vidic, que Subject 16 tinha origens no Extremo Oriente e que seus ancestrais estavam envolvidos em um "evento importante na área". Um e-mail diferente possivelmente indica que seu nome é Neumann. O mesmo e-mail tambem aponta que uma antiga empregada da Abstergo, Leila Marino, poderia estar romanticamente envolvida com ele. Isso sugere um romance antes de seu sequestro, ou que ela trabalhava com Subject 16 do mesmo jeito que Lucy trabalhava com Desmond Miles e o romance começou a aflorar.
Sob as ordens da Abstergo, Subject 16 foi mantido dentro do Animus por períodos absolutamente grandes e perigosos, até mesmo dias por vez. Isso o levou a ter uma forma avançada de "Bleeding Effect", que permitia a ele 'viajar' no tempo sem o uso do Animus. Devido a não poder controlar esse 'fenômeno', Subject 16 lentamente caiu na loucura, eventualmente resultando em suicídio. Em Assassin's Creed II ele descreve varias dessas 'viagens' que ele fazia em um glyph.
No final de Assassin's Creed, devido à sua experiência com Bleeding Effect, Desmond foi capaz de usar a Eagle Vision para ver várias Mensagens Ocultas que foram desenhadas em sangue. Subject 16 diz em uma dessas mensagens que ele 'drenou' seu próprio corpo para pintar e escrever as mensagens no chão e paredes da sala principal do laboratório. Mas se ele tivesse usado seu próprio sangue para pintar apenas as paredes do quarto, ele teria sangrado -- literalmente -- até a morte. Os simbolos pintados nas paredes e chão reaparecem novamente em Assassin's Creed II como glyphs (em português, glifos), partes de um arquivo codificado que Subject 16 adicionou às memorias genéticas depois que ele hackeou o Animus.
Subject 16 faz sua primeira aparição vocal em Assassin's Creed II, narrando 20 arquivos codificados que ele hackeou da base de dados da Abstergo. Depois de todos os arquivos serem decodificados eles se juntam e formam um pequeno video do que Subject 16 diz ser "A Verdade" sobre as origens da humanidade. No video, um homem e uma mulher que chamam um ao outro de Adão e Eva, correm através de um complexo moderno, com Eva carregando "A Maçã" (uma Piece of Eden). Os pequenos comentários feitos por Subject 16 e também os comentários de Lucy, revelam um pouco mais sobre a extensão da 'loucura' que levou à morte de Subject 16. Em seu comentário final do vigésimo arquivo, Subject 16 diz apenas que "Lucy, eu não consigo mais esperar, estou pronto para ir agora... Ela me vê levantando a faca." No começo de Assassin's Creed II Lucy procura pela ligação genética mais provável entre Subject 16 e Desmond que acaba levando ao nascimento de Ezio, sugerindo que ele é um ancestral dos dois.
Subject 16 apareçe em forma de holograma dentro do Animus, após resolvermos todos os quebra-cabeças,e Desmond executar uma serie de Le pakour para encontra-lo, onde ocorre um breve dialogo entre os dois.
Desmond: Subject 16?
Subject 16: (risos) Sim, sim, Subject 17.
Desmond: Você está morto. Eu vi o seu sangue!
Subject 16: Não há tempo. É muito mais tarde do que você imagina. Tarde demais para salvá-los.
Desmond: Quem?
Subject 16: Ela não é quem você acha que ela é. Tudo o que você esperava se tornar, tudo o que você tinha,já se foi.
Desmond: Explique. Por favor.
Subject 16: Eden. Ela ... no Éden. encontre Eva. A chave. O DNA dela ...
Desmond: Diga-me!
Subject 16: Eu não posso ... O sol ... Seu filho ... Muito fraco ... Deve repor energia ...
Desmond: Não vá!
Subject 16: Eu estou com vocês até o fim. Encontre-me na escuridão.
Quando 16 diz me encontre na escuridao ele se refere ao Black Room,um modo de segurança do Animus que so pode ser acessado em ACR,onde ele manteve até certo momento suas memoria conservadas.
Subject 16 narra todos os glyphs que são compostos de códigos e imagens que devem nos mostrar "A verdade". Algumas de suas frases:
O passado, uma vasta linha de conexões e interconexões, todas ocorridas por acaso... Ou não?
―Subject 16 no glyph nº 2 comentando sobre as 'coincidências' ao longo da história
O poder não morre ele é passado adiante!
―Subject 16 no glyph nº 3 comentando sobre como as Pieces of Eden são repassadas para pessoas de certos 'círculos'
A História aprisiona os bons e os maus pegam o que não é deles!
―Subject 16 no glyph nº 6 falando sobre a desvantagem injusta que os maus têm sobre os bons
As pessoas só vêm o que elas são treinadas para ver, o que a Organização quer que elas vejam
―Subject 16 no glyph nº 9 comentando sobre como os Templários manipulam as pessoas para elas verem somente o que é de interesse a eles
Eu não sei o que está acontecendo comigo. Eu estive na máquina e eles continuam fazendo eu voltar. E eu estou perdendo o controle! Está tudo se misturando...
―Subject 16 no glyph nº 14 comentando sobre como a Abstergo abusou do tempo que deveria deixá-lo no Animus
Escute, porque nós temos esses... Dons? Essas... habilidades? Porque está no nosso sangue!
―Subject 16 no glyph nº 14 comentando sobre a Eagle Vision herdada dos Que Vieram Antes
A morte de todos o tirano libertará o povo
―Subject 16 no glyph nº 15 comentando sobre como 'limpar' o mundo da tirania da Abstergo
Eles planejaram a guerra, eles planejaram a paz, mas eles não iam se safar dessa.
―Subject 16 no glyph nº 17 comentando sobre a Segunda Guerra Mundial, onde os Templários comandavam os dois lados.
Era como se nossas mentes tivessem sido feitas para elas. Produzidas, para obedecer.
―Subject 16 no glyph nº 18 comentando sobre como as Pieces of Eden controlam os humanos
[Tudo] Foi escondido, [Tudo foi] alterado
―Subject 16 no glyph nº 20 comentando sobre o que os templários alteraram para chegar onde estão hoje
Ah, a lua. Posso ver as estrelas. Minha mente já se foi, Lucy. Não posso mais esperar. Estou pronto para ir. Ela me vê levantando a faca.
―Subject 16 no glyph nº 20 desvaneio final onde ele comenta o nome da Lucy
Parece que Subject 16 tem um descendente que participou da Batalha de Gettysburg. Desmond também pode estar relacionado a esse homem, mas é improvável, pois a ligação genética mais próxima entre ele e Subject 16 é Ezio.
Se Subject 16 tivesse usado seu próprio sangue para 'pintar' o mural em seu quarto e no laboratório ele teria sangrado até a morte antes de terminar seu trabalho.
Apesar de não termos muita informação sobre Subject 16, ele é um dos personagens mais misteriosos e de um jeito meio que 'estranho', um dos mais carismáticos e também um dos mais queridos.
Apos resolver os clusters aparece parte de uma mensagem em cada arquivo que diz: "O milagre está na execução"(The miracle is in the execution),que na verdade se refere ao próprio arquivo, que ao contrario dos glyphs nao se trata apenas de um vídeo, mas sim de um arquivo executável que leva Desmond a uma sala desconhecida no interior do Animus.
Subject 16 tem grande aparência com Darim Ibn-La'Ahad, filho mais velho de Altaïr, sendo possível que ele seja também um descendente da linhagem do Assassino, explicando assim como foi possivel sincronizar o passado do Subject 16 com o de Desmond.Darim/Clay